Spanje, 1944. Het land is in de nasleep van een bloederige burgeroorlog. Carmen is onlangs hertrouwd met de koude en autoritaire man Vidal, een kapitein in Franco's fascistische leger dat in de binnenlanden jacht maakt op rebellen. Ze trekt met haar dochtertje Ofelia in bij haar nieuwe man, maar het jonge meisje heeft moeite met dit nieuwe leven. Ze zoekt afleiding in het mysterieuze labyrint, dat zich vlak naast het huis in de bossen bevindt. Pan, een faun die het labyrint bewaakt, vertelt haar dat ze niemand minder is dan de verloren prinses van een magisch koninkrijk. Om de waarheid te achterhalen, geeft hij Ofelia drie gevaarlijke opdrachten...